А самі ж австрійці господарювали в монастирі без церемоній. У Успенському храмі поставили свій престол і служили меси. Трапезну церкву перетворили на кінозал, собор Троїцкий в стайню. Престоли у вівтарях були зрушені з місця, обірвані, ікони простріляні кулями, церковне начиння переламане і викинуте, Цельбоносная Стопа Пресвятої Богородиці засипана сміттям.

Но недовго господарювали по-своєму іновірці. У травні 1916 року, унаслідок Брусиловського наступу в Галіциі, в Почаєв приходять російські війська. У Лаврі відновлюються богослужіння. Архієпископ Евлогий, зробивши подячний молебень, служить в обителі все літо 1916 років. Повертаються з полону ченці. Починає налагоджуватися господарське життя монастиря. 

У 1918 році з Житомира були повернені лаврські святині, привезені і дзвони. Нестримно мінялися тоді політичні події. У вересні 1920 року Волинь займають польські війська і Лавра переходить під юрисдикцію митрополита Варшавського і всієї Польщі.І так до 1939 року. З кожним днем і роком тиск польського уряду на церковне життя православних посилювався. 

Існуванню Лаври як православній обителі загрожувала тоді ревіндікция – передача храмів католицької церкви. Проти виступив весь православний народ і відстояв свої Святині. А в червні 1925 року якось зовсім нежданно-негаданно було отримане розпорядження про перехід з 15 червня на новий календарний стиль. Це було немов грім серед ясного піднебіння, - раніше про це не могло бути і мови. Духівництво звернулося до православного населення краю не приймати цього нововведення, оскільки саме із-за нього міг порушитися принцип православного життя, її соборність, і як наслідок – розкол в Церкви, порушення її канонів. Та все ж новий стиль упроваджувався в церковне життя Волині. Але Пресвята Богородиця і цього разу зберегла Свою Лавру.

С 1939 років Лавра знову в молитовному спілкування з Російською Церквою. Після війни повертаються ченці-фронтовики, в храмах возносяться молитви, сполучаючи землю з піднебінням; здійснюються єпископські хиротонії. Обпалені великою трагедією війни і репресій, люди квапилися поклонитися лаврським святиням.

Но час свободи виявився недовгим. Незабаром власті знову підняли на щит ідеологію войовничого атеїзму (1958 рік) – почалася чергова хвиля утисків і репресій. Про початок нових гонінь насельников обителі попередила Сама Божія Мати. У 1958 році Вона з'явилася над собором Троїцким вся в чорному з чорним омофором в руках. Дивне бачення знаменувало заступництво Богородиці у відважну годіну, що настає, і укріплювало молитвеників в їх подвигу. Божія Мати допомогла пережити антирелігійний розбій в монастирі, коли ченців буквально витягували з келій, поливали водою з пожежних машин, позбавляли прописки, садили у в'язниці, поміщали в психіатричні лікарні...

Советськой владою в Лаври разом з полями,лісами, садами, сільгоспінвентарем були відібрані млин, завод свічки, друкарня, іконописні майстерні, лікарня з церквою, архієрейський будинок і частина інших будівель.

Все це зазнала обитель. А з початком змін в суспільстві і державі змінилося і відношення до Церкви.Відкриваються храми і монастирі, православні люди урочисто відзначають 1000-ліття Хрещення Русі.

 А Почаєвський монастир через свої статутні богослужіння і проповіді продовжує розкривати християнам справжню істинність і красу віри Христовою, виконуючи свою заповітну місію – бути світильником Православ'я на західних землях Русі. У серпні 1990 року Почаєвськая Лавра урочисто відзначала свій 750-річний ювілей. Торжество очолював високий гість – Святійший Патріарх Алексій II. 

Знов затеплилася лампада чернечого життя в Свято-Духовськом Почаєвськом скиту, який був закритий за часів останніх гонінь. При Лаврі була відкрита недільна школа Закону Божого, а трохи згодом і Богословське училище,згодом перетворене в Духовну семінарію. Монастирю повернені його будівлі, сади, земельні ділянки. Новим торжеством правди і істини – святкуванням ювілею 400-ліття перенесення чудотворної ікони Богородиці із замку Ганни Гойськой на гору Почаєвськую — ознаменувала себе обитель в серпні 1997 року.

В III-у тисячоліття свята обитель вступила оновленной і і заповнилася ще однією святинею – нетлінними мощами преподобного схиігумена Амфілохия (Головатюка), званого в народі Іосифом-костоправом, зарахованого до лиця святих 12 травня 2002 року.

Торжествовала того дня Церква земна, торжествувала і Небесна. Пасхальною радістю грало сонце. На блакитній блакиті піднебіння – білосніжний хрест... Кожен, хто бачив це небесне диво, підбадьорився.

Торжеством прославляння догідника Божого – преподобного Іосифа (у схіме Амфілохия) свята обитель на Почаєвськой горе вписала ще одну сторінку в історію монастиря, який випробував немало бід на життєвій дорозі.

Все бачила свята обитель: підйоми і падіння, розквіт і зубожіння, схід і захід, як і в житті кожного з нас. Згадуючи прожите життя, чоловік, перш за все, бачить все те добре, що вело його життєвою дорогою, залишаючи в тіні похмурі дні. Так і обитель. Все і все, що приводило її в запустіння, давно прожите і якось забуте.

А нині кожного богомольця і паломника приголомшує зовнішнє перетворення обителі. Тут і нові каплички (на честь 400-ліття перенесення Почаєвськой чудотворної ікони Божої Матері і 2000-ліття Різдва Хрістова), і літня церква, і гостиний двір, і нова книжно-іконна лавка, і семінарський храм преподобних Іова і Амфілохия.

Все хто приходить нині в святу обитель відчуває усюди повноту життя, покрив Богородиці, заступництво і благословення великих догідників і чудотворців преподобних Іова Почаєвських і

Богом вибрана, Богом що зберігається, прославлена в своїх святинях сяє чудовою красою Почаєвськая гора. І послужить вона джерелом світла духовної радості для наших нащадків, як служить нам тепер і служила нашому прабатьку.