ІСТОРІЯ Свято-Духівського скиту йде у сиві століття, коли тут здійснював свої подвиги преподобний Мефодій. На одній з Почаївських гір, пізньої осені 1197, Мефодій спорудив маленьку капличку.А 1219 року на вершині тієї гори був закладений монастир з храмом Преображення Господнього. Монастир відрізнявся строгістю чернече життя; настоятель обителі Мефодій був для братії прикладом у молитві та праці.

Слава святій обителі, овіяній чудесами Богородиці, росла та ширилася, а сам монастир стає центром духовної просвіти на Західній Русі. Тут була заснована богословська школа, а дещо пізніше і друкарня. Стіни каплички і монастирського храму були літописними сторінками обителі.Її насельники записували тут всі важливі події монастирського життя.Накреслено було і про тих лихах, які, за попущенію Господнього, не минули і монастир: два рази він піддавався руйнівним нападів, три рази лютувала морова виразка - втретє настільки жорстоко, що померли майже всі ченці. У живих залишилося тільки п'ять ченців.

Всі ці біди обрушилися на монастир в кінці ХVІ - на початку ХVII століть. Ченці переселяються до своїх побратимів на сусідню західну гору, де Матір Божа залишила слід своєї правої стопи, що виділяє цілющу воду, і де творилися чудеса від Її ікони.З переселенням братії в Почаївський монастир втрачається історія обителі преподобного Мефодія.

Щоб відновити древній монастир з запустіння, Почаївська Лавра в 1901 році заклала на місці древньої обителі теперішній скит в ім'я Святого Духа.Прочани піднімаються на скит-гору, зарослу тінистими лісовими деревами і старим садом, по насипаної дорозі, оточеній, як правоохоронцями, деревами-велетнями, безмовними свідками всієї минулої історії скиту. В стороні від дороги видно ставки.Десь тут, як свідчить переказ, було джерело чистої води. Піднялися на гору прочан зустрічає вратарная церква Онуфрія Великого. На просторій, рівній майданчику стоїть струнка кам'яна Свято-Духівська церква, своєї архітекурой нагадує древньої.

Зліва від неї келії для братії, а за нею - церква в ім'я Всіх Святих і будиночок намісника скиту. Внизу під Свято-Духівському розташована зимова церква в ім'я преподобного Серафима Саровського.

За часів атеїстичних гонінь скит був закритий. Монахов переселили в Лавру, господарство монастиря розорили, храми осквернили. Все, що являло якусь цінність, забрали тоді в місцевий музей атеїзму.Майже три десятиліття панували безбожники на скит-горі, і тільки в 1990 році відновилися богослужіння, розпочалася духовна і господарське життя монастиря.

Ретельністю братії монастиря відновлена вратарная церква Онуфрія Великого і церква Всіх Святих, побудований братський корпус, зведена кам'яна стіна-огорожа. Браття, що прийшла сюди з різних місць нашого вітчизни для порятунку своєї душі, знову ввела той же древній спільножитного статут.

Їх молитовна, духовна і трудове життя відбувається в дусі православної традиції російського чернецтва.